Diawali dari bergeraknya Lembaga Pendidikan dan Dakwah (LPD) Al Huda Bogor yang memprioritaskan kegiatannya di bidang Tahfidz al-Qur’an al-Karim dan Program Belajar Jarak Jauh (PBJJ). Pada tahun 1998, LPD Al Huda mulai mengembangkan sayapnya,  hingga berdiri cabang-cabang Al-Huda di 25 Kota Jawa Barat dan DKI. Khususnya untuk PBJJ,  pengembangannya sampai ke 26 Propinsi di seluruh Indonesia dan bahkan hingga diminati oleh peserta yang sedang berdomisili di Luar Negeri.

Paket PBJJ yang dikembangkan oleh Al Huda adalah Al-Mursyid dan Al-Hidayah. Al-Mursyid merupakan nama suatu paket program yang berisi bimbingan belajar Bahasa Arab praktis jarak jauh. Sedangkan Al Hidayah adalah nama paket bimbingan belajar jarak jauh yang berisi bimbingan belajar dinul Islam. Dalam operasionalnya, Al Hidayah mampu  menjadi  paket belajar unggulan dan mendapat sambutan hangat dari masyarakat hingga ke negeri Sakura Jepang, Hongkong dan Arab Saudi. Bahkan banyak dari para jama’ah yang mengusulkan supaya Al Hidayah diselenggarakan secara formal dan dilakukan melalui kuliah tatap muka.

LPD Al-Huda berusaha memenuhi aspirasi yang muncul dari jama’ah  dengan diadakannya Tabligh Akbar dan Studium General Al Hidayah setiap hari Ahad di berbagai kota besar dimana cabang-cabang LPD Al Huda berada. Namun hal tersebut tidak bisa memenuhi seluruh minat masyarakat yang demikian besar.

Dalam rangka mempersiapkan kader dakwah Islam yang profesional, selain mengelola pendidikan jarak jauh, LPD Al-Huda juga mengelola Pondok Pesantren Pengkajian Al Qur’an noformal Akademi Dakwah Islam (ADI) yang berlokasi di Leuwiliang Bogor. Namun seiring perkembangannya, dalam kegiatan oprasional teknisnya ADI didorong untuk bisa lebih ditingkatkan statusnya menjadi lebih profesional dan kompetitif.

Dari semua permasalahan yang muncul, kini timbulah suatu pemikiran untuk mengembangkan sebuah lembaga pendidikan formal yang mempunyai legitimasi hukum dan bisa mengayomi seluruh program yang sudah dijalankan. Pemikiran itu kemudian direalisasikan dengan dibentuknya Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Al Hidayah. Dengan adanya STAIA diharapkan kegiatan belajar bisa tercipta, baik Program Beasiswa Al Hidayah (PBA), Program Belajar kelas Ekstensi maupun kelas Reguler yang dilaksanakan setiap hari Senin sampai Kamis. Ketiganya berada dalam satu koordinasi, dalam satu naungan Sekolah Tinggi Agama Islam Al Hidayah.

Lokasi STAI  Al Hidayah sebelum perpindahan ke Dermaga berada di Cimanglid Sukamantri–Bogor  dan pada awal tahun 2010  kampus STAI Al Hidayah berpindah ke Dermaga yang berlokasi di Jalan Raya Dermaga KM 7 Gg. Radar Baru Kelurahan Margajaya Kecamatan Bogor Barat-Kota Bogor.

STAI Al Hidayah telah membuka beberapa Jurusan dan Program Studi S1 (Strata Satu), di antaranya Jurusan Syari’ah Program Studi Al-Ahwal Al Syakhsiyah (AS), Jurusan Tarbiyah Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI), Jurusan Ushuluddin Program Studi Tafsir Hadits, kemudian pada tahun 2011 dibuka Program Studi baru D3 (Diploma Tiga), yaitu Jurusan Ekonomi Islam dengan Program Studi Perbankan Syari’ah. Selain itu, dalam meningkatkan mutu pendidikan mahasiswa, STAI Al Hidayah dilengkapi dengan sarana dan prasarana yang diharapkan bisa menunjang, di antaranya sebuah bangunan masjid sebagai sarana beribadah dan media latihan keagamaan (laboratorium penyiapan mahasiswa) untuk diterjunkan ke tengah-tengah umat,  perpustakaan, Koperasi al-Iman, Studio Radio Fajri FM yang berlokasi di kampus II Cimanglid.  Semua itu tidak lain demi peningkatan kualitas mahasiswa sebagai kader dakwah yang bisa membela umat pada setiap lini kehidupan.

Sekolah Tinggi Agama Islam Al Hidayah didirikan melalui Surat Keputusan Yayasan Islam Al Huda No.401/BP/V/1999 dan memulai perkuliahan pada tanggal 28 September 1999.

Sekolah Tinggi Agama Islam Al Hidayah memperoleh izin Koordinator Koordinatorat Perguruan Tinggi Agama Islam Swasta (KOPERTAIS) wilayah II Jawa Barat dan Banten dengan Nomor 32/Kop/S/II/2001, Izin Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama RI  Nomor Dj.II/232/2006 tanggal 10 Juli 2006, dan diperpanjang dengan nomor Dj.I/576/2011 Tanggal: 19 Mei 2011.

Adapun izin penyelenggaraan Jurusan/Program Studi yang diselenggarakan STAI  Al Hidayah adalah sebagai berikut:

  1. Jurusan Tarbiyah/Program Studi Pendidikan Agama Islam, dengan Status TERAKREDITASI di BAN PT dengan SK Nomor: 018/ BAN-PT/AK-XI/SI/VIII/2008, akreditasi ke-2 tahun 2011 dengan SK Nomor 038/BAN-PT/Ak-XIII/S1/I/2011. Terakhir tahun 2013 nomor: 192/SK/BAN-PT/Ak-XVI/S/IX/2013.
  2. Jurusan Syari’ah/Program Studi Al Ahwal As Syakhsiyah, dengan Status TERAKREDITASI di BAN PT dengan SK Nomor: 038/BAN-PT/Ak-XIII/S1/I/2011. Akreditasi ke 2 pada tahun 2016 (hasil dalam proses).
  3. Jurusan Ushuluddin/Program Studi Ilmu Al-Qura dan Tafsir, dengan Status TERAKREDITASI di BAN PT dengan SK Nomor: 038/BAN-PT/Ak-XIII/S1/I/2011.
  4. Jurusan Ekonomi Islam/Program studi Perbankan Syariah SK izin Program Studi D3 Perbankan Syari’ah dari Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor Dj.I /54/2011 dan diperpanjang dengan SK Nomor: 616 Tahun 2014, dengan Status terakreditasi dengan Nomor: 446/SK/BAN-PT/Akred/Dpl-III/XI/2014
  5. Program Studi Manajemen Pendidikan Islam dengan SK Direktur Jenderal Pendidikan Islam SK Ijin -Penyelenggaraan: 361 Tahun 2015. Dengan status proses akreditasi.

Sejak tahun 1999, pengembangan STAI Al Hidayah dirintis dan diselenggarahkan oleh pengurus Yayasan Islam Al Huda Bogor Indonesia yang didelegasikan kepada para pimpinan STAIA. Dari awal perintisan hingga sekarang, kepemimpinan ketua STAIA telah memasuki Enam periode kepemimpinan, yang terdiri dari: Drs. H. Mulyadi, M.Ag. (1999-2002), Drs. Dudung A. Amadung, M.Pd.I. (2002-2005), Drs. Muhammad Ilyas (2005-2006), Drs. Dudung A. Amadung, M.Pd.I. (2006-2007), M. Hidayat Ginanjar, M.Pd.I (2007-2011), Dr. M. Hidayat Ginanjar, M.Pd.I diangkat kembali menjadi ketua pada periode ke II (2011-2015), dan Dr. Rahendra Maya, S.Th.I., M.Pd.I. diangkat menjadi ketua STAIA pada periode 2015-2019.